应全国电子商务快速发展的趋势，结合我校科研发展的实情、实力与需要，我校于2015年7月正式设置电子商务综合实验室为独立研究机构。电子商务综合实验室位于段家滩校区信息工程楼516和518室。
目前包括三个省级重点实验室：1. 电子商务综合重点实验室（2014年1月由甘肃省教育厅批准成立）2.甘肃省高等学校电子商务推广运营重点实验室（2016年3月由甘肃省教育厅批准成立）3.甘肃省电子商务技术与应用重点实验室（培育）（2016年8月由甘肃省科技厅批准成立）。